Артефакты димера праймера обычно возникают при большом пороговом числе циклов (обычно > 35 циклов), которое выше, чем пороговое число циклов для желаемого ампликона. Димеры праймеров заметно увеличиваются при добавлении гетерологичной геномной ДНК.
Где бы вы увидели димеры праймеров на геле ДНК?
В неколичественной ПЦР с конечной точкой димер праймера будет выглядеть как более или менее слабое пятно на агарозном геле, ниже полосы интересующего продукта.
Как образуются димеры праймеров?
Димеры праймеров образуются, когда два праймера связываются друг с другом, а не с матричной ДНК, благодаря областям комплементарности праймеров.
Как вы обнаруживаете димеры праймеров?
Самый простой способ проверить наличие димеров праймеров – это сравнить свои реакции с отрицательным контролем (вода вместо ДНК или РНК). Димеры праймеров по-прежнему будут образовываться в отрицательном контроле. Некоторые наборы праймеров с большей вероятностью образуют димеры, чем другие.
Почему появляются димеры праймеров?
В основном видны димеры праймеров из-за высокой концентрации праймера в реакционной смеси ПЦР. Или если нет ПЦР-амплификации и можно увидеть димер праймера в агарозном геле. Если вы можете увидеть продукт ПЦР, вы можете уменьшить концентрацию праймера и сохранить другие условия прежними.
