Методы, основанные на захвате конформации хромосом (3C) выявляют организацию хромосом в ядре путем определения физической близости пар точек вдоль хроматина. Они сохраняют взаимодействие хроматина путем перекрестного связывания с последующей фрагментацией, лигированием и секвенированием взаимодействующих областей.
Как работает захват конформации хромосом?
Захват конформации хромосомы на чипе (4C) захватывает взаимодействия между одним локусом и всеми другими геномными локусами. Он включает второй этап лигирования для создания самоциркулирующих фрагментов ДНК, которые используются для проведения обратной ПЦР. … На одном микрочипе можно проанализировать примерно миллион взаимодействий.
Что такое захват конформации хроматина?
Захват конформации хроматина (3C) является важным методом, используемым для изучения структуры хроматина, а также основой для нескольких других производных методов. … Протокол включает перекрестное сшивание клеток формальдегидом с последующим выделением хроматина и расщеплением ферментом рестрикции.
Как работает Hi-C секвенсор?
Подход Hi-C расширяет 3C-Seq для картирования контактов хроматина по всему геному, а также применяется для изучения взаимодействий хроматина in situ. В этом методе комплексы ДНК-белок сшиваются формальдегидом. Образец фрагментируется, ДНК экстрагируется, лигируется и расщепляется рестрикционными ферментами.
Что такое техника Hi-C?
Классический метод Hi-C включает рестрикционное расщепление сшитого формальдегидом генома специфичными для последовательности ферментами рестрикции с последующим заполнением и восстановлением расщепленных концов с включением нуклеотиды, связанные с биотином. Отремонтированные концы затем перевязывают.
